Awalnya, wilayah yang sekarang dikenal sebagai Desa Pekurun Selatan merupakan bagian dari Desa Pekurun. Seiring perkembangan penduduk dan kebutuhan administrasi yang semakin kompleks, pemerintah daerah memutuskan untuk melakukan pemekaran desa. Pada tahun 2000, Desa Pekurun secara resmi dimekarkan, sehingga lahirlah Desa Pekurun Selatan sebagai entitas administratif baru. Pemekaran ini bertujuan untuk mempermudah pelayanan publik, pemerataan pembangunan, serta meningkatkan partisipasi masyarakat dalam pemerintahan desa. Sejak saat itu, Desa Pekurun Selatan berkembang menjadi desa yang mandiri dengan berbagai program pembangunan dan kegiatan sosial yang melibatkan seluruh warga desa.